Инструменты

IDE

NetBeans — мой выбор. Единственное нарекание — иногда тормозит при открытии очень большого файла.
Notepad++ — удобен если нужно посмотреть или поправить что то по мелочи. Умеет заменять блокнот в пункте View Source
Vim — единственный редактор, которым получается нормально просматривать и редактировать очень большие файлы (гигабайтные XML, если точно). Ну и использую чтобы редактировать конфиги в Linux

Прочая работа с кодом

WinMerge — инструмент для сравнения и слияния правок к файлам. Удобен для интеграции с CVS/SVN/Git.
Cyclomatic Complexity checker — для проверки функций на сложность. Пришлось немного переписать вариант Pasquale Ceres для использования на локальной машине.
PHP_CodeSniffer — помогает придерживаться определённого стиля кода. Один раз настроив, можно пользоваться всегда.
JavaScript Lint — проверка корректности JS-кода
Phing — инструмент для автоматизации задач по сборке проекта. Удобен для автоматического запуска вышеупомянутых утилит на всём проекте.

Измерение продуктивности

RescueTime – в основном пользуюсь ей. Бесплатная, висит тихо в трее, собирает информацию об открытых приложениях и посещённых сайтах.
Eye Defender — периодически напоминает о том что нужно встать из-за компьютера и дать глазам отдохнуть.

Система

Fences — удобный способ организации иконок на рабочем столе
Process Explorer — отличная замена стандартному окошку процессов
SequoiaView — помогает сориентироваться чем забит диск в текущий момент
DeFraggler — утилита для дефрагментации
Google Desktop Search — мне им удобнее пользоваться чем обучным Windows-поиском. К тому же он гораздо быстрее.
VMware Player — для разных экспериментов с Linux
DropBox — простая и удобная синхронизация файлов между компьютерами
EverNote — удобный электронный блокнот для заметок.
Python — для быстрого написания небольших вспомогательных скриптов.

Управление версиями

TortoiseCVS — работа с CVS
TortoiseSVN — аналог предыдущего для SVN. Пользовался раньше когда хостился на Google Code
msysGit — консольный git для Windows. Для управления версиями маленьких проектов и работы с Github пользуюсь именно им.
smartGit — удобный графический клиент для Git в Windows. Из недостатков — странная поддержка UTF-8 (то показывает нормально, то нет).

Веб-Сервер

XAMPP — сразу всё что нужно для веб-разработки. Я свой ещё протюнинговал немного, апгрейдил PHP и добавил модулей в Apache.
XDebug — профайлер/дебаггер для PHP.
Node.js — асинхронный неблокирующий сервер на JavaScript. Большинство экспериментов я сейчас ставлю именно на нём

Медиа

Foobar2000 — мой текущий медиаплеер для музыки. Сменил AIMP2 по причине меньшего потребления ресурсов
Last.FM — использую его для ведения статистики — что больше всего слушаю. Не для дела, а так, из интереса. Иногда нахожу в “бесплатных файлах” хорошие треки.
MisucBrainz Picard — инструмент для опознания неизвестных треков.
MP3Gain — инструмент для выравнивания громкости треков в коллекции
.

Прочее

Screenshot Pilot — снятие скриншотов экрана, окна или выделенной области.
Greenshot — с недавнего времени заменил Screenshot Pilot, тоже бесплатная программа для снятия скриншотов но с более понятным интерфейсом.
WinCacheGrind— удобный просмотр файлов профилирования XDebug.
RegEx coach — средство отладки регулярных выражений.
FeedDemon — RSS-читалка. Автоматически синхронизирует подписки на всех моих компьютерах.